生酮饮食可能会引起肝、肾、心血管、骨骼系统疾病、营养缺乏、酮流感，长期如此可能导致癌症风险上升。

1.肝：生酮饮食中过多的脂肪和动物蛋白的摄入，可能会使“非酒精性脂肪肝”患病风险上升。

2.肾：生酮饮食使人体处于酮症状态，尿液pH值降低，可能会提高肾结石的风险。

3.心血管系统：生酮饮食中通常摄入过多的饱和脂肪，对心血管健康不利。

4.骨骼系统：研究表明，长期生酮饮食可能导致骨密度下降。

5.营养缺乏：生酮饮食中蔬菜、水果和全谷物的摄入量是远远不够的，长期如此易导致多种维生素、矿物质和膳食纤维的缺乏，不利于健康。

6.酮流感：该术语用以概括进行生酮饮食中的人群可能会出现的一系列不适症状，包括疲劳、头晕、虚弱无力和活力下降等。其实是大脑功能不足的表现。

7.癌症：若长期生酮饮食摄入过多肉类（胆固醇摄入超标），过少水果、蔬菜、谷物，长此以往癌症风险有上升的可能。比如过多胆固醇摄入增加直肠癌、乳腺癌的发病率。

不建议普通人群自行尝试生酮饮食，如果患有难治性癫痫等患者需要使用生酮饮食，需要在临床营养师和临床医生的指导下进行。